12 sierpnia 2009 roku wchodzi w życie ustawa z dn. 25 czerwca 2009 r. o zmianie ustawy o świadczeniach opieki zdrowotnej finansowanych ze środków publicznych oraz o cenach. Na jej mocy Agencja uzyskuje status państwowej jednostki organizacyjnej posiadającej osobowość prawną. AOTM będzie działać na podstawie statutu, który zostanie wprowadzony w życie w drodze rozporządzenia Ministra Zdrowia. Wszelkie zmiany w strukturze organizacyjnej oraz wynikające z ustawowych zdań Agencji zostaną umieszczone na stronie internetowej AOTM po opublikowaniu stosownych aktów wykonawczych do niniejszej ustawy.